Hay un halo de misterio que envuelve este lugar. Por más que leamos e investiguemos, no se consigue esclarecer para qué se construyó. Podemos imaginarnos la idea principal, pero se desvanece cuanto nos damos cuenta de que jamás fue usado,como se dice, pese al esfuerzo de construirlo.

Hay varios misterios alrededor de estos titánicos sarcófagos:
¿Cómo introdujeron esos sarcófagos dentro de la construcción?

Piezas enormes que no tienen absolutamente ni una sola marca o imperfección de tallado. Ángulos perfectos.
En el interior del Serapeum no se encuentra ninguna inscripción, no hay ningún relieve, no hay escritos ni nada que indique que ese lugar era para el enterramiento de los Apis, los cuales representaban a un Dios en la tierra.

Además, se supone que debía ser para albergar toros sagrados. Estos toros representaban a Serapis (User-Hep en su versión egipcia). Ptolomeo I lo declaró como Dios único de Egipto y Grecia, así como patrón de Alejandría. Es muy improbable que se crearan tumbas para honrar a estos toros (Apis), en ningún sitio, ya que no hay escritos sobre ello. El único lugar de descanso para estos “dioses” tal y como se sabe, era el Serapeum de Saqqara… y esto abre paso al misterio ya que, después de crear el Serapeum, trasladar 24 bloques de piedra de más de 100 toneladas a través de 500Km desde la cantera de donde fuesen sacados.

Después de tallar las piedras en formas de sarcófagos perfectos e introducirlos en sus correspondientes nichos… no se puso nada en ellos.No hay ni el menor rastro de tejido, hueso, fluido, pelo, ningún resto químico para momificación ni ningún otro… Absolutamente NADA.